Au Burundi, le secteur agricole occupe 93% de la population burundaise active, fournit 95% de l’offre alimentaire, 90% d’emplois et plus de 90% des recettes en devises. Cependant, l’agriculture intensive, qui repose sur l’irrigation, l’utilisation d’engrais, la protection des végétaux par le recours aux pesticides ou l’introduction de nouvelles variétés de culture et de systèmes de culture peuvent avoir une incidence sur la biodiversité et par conséquent sur la nutrition. De plus, dans certaines régions très peuplées, les sols ne subissent aucun repos avec l’usage intensif des engrais minéraux en plus du manque de systèmes de protection qui est à l’origine de l’érosion causant ainsi des inondations dans les bas-fonds et de la pollution des cours d’eau. Dans toutes les régions, on assiste aux défrichements culturaux à l’origine de la déforestation de plusieurs étendues des écosystèmes forestiers. Il en découle logiquement la disparition des espèces, des biens et services écosystémiques.